地方独立配电公司统一负责代燃料电站建设、经营。对代燃料电站实行统一调度、管理、供电和营销，承担代燃料供电的责任，确保完成保护退耕还林（草）和森林植被面积的任务。实行统一核算，按股权分配收益；或实行分别核算，保持代燃料电站独立法人地位。

　　代燃料电站装机容量及相应的电站体制。要合理开发利用中小水能资源。代燃料电站项目按常规装机容量修建，大于项目所需生态装机容量的部分，不享受相关优惠政策，新建电站应实行股份制或一站两制，合理分配权益。项目属于原有电站改造、扩建，为项目所需的增容部分，作为生态装机容量享受相关优惠政策，原有电站应实行股份制或一站两制，合理分配权益。

　　小水电代燃料项目的业主可以是乡镇小水电企业，县级水电公司，省、市级水电公司，也可以是为项目而新设立的法人单位（有限责任公司或股份有限公司）。但是需要积极探索和明确的是：第一，通过政府出资人授权委托，确立省、市两级水行政主管部门国有资产出资人代表的地位；第二，由出资人代表授权省、市级水电公司经营国家投入形成的小水电代燃料国有资产，并将其中的一部分使用权（30～50年不变）量化给县级水行政主管部门和代燃料户参与权益分配；第三，省、市级水电公司和县级水行政主管部门与代燃料户，以投入小水电代燃料项目实施企业的资本额为限�县与户为使用权�，对实施企业承担相应的责任，并按股权行使资产收益、重大决策和选择管理者的权利。依法有效行使资产监管与运营，按章合理分配产权权益，保障资产安全、完整和保值、增值，形成良性滚动发展机制，促进小水电代燃料生态保护工程持续快速健康实施。